现有检验科、临床药学、耳鼻咽喉科、心脏大血管外科、儿内科小儿呼吸专业、普通外科、皮肤科、中医儿科、小儿外科和急诊医学科等10个国家临床重点专科，以及国家卫生计生委儿童结石病诊疗中心、上海市小儿外科临床医学中心、上海市危重孕产妇和新生儿抢救中心、上海市产前诊断中心、上海市听力障碍诊治中心以及8个上海交通大学诊治中心。